!!!Clusterの解説 !参考資料 *http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/index.html !!!LinuxClusterのインストール !!Globus Tool Kit ブログにアップされておりましたが,消されてしまったようなので,引用させて頂きます。 「GT4インストール ・・・・ 下調べと平行してvine linuxにGT4(Globus Toolkit 4)をインストールしています。 私的メモを兼ねた手順を以下に。 --- 1. GT4に必要なソフトウェアが一部インストールされていないので追加する。   1) J2SE 1.4.2   2) Ant   3) zlib 1.2.3   4) JDBC complaint database 2. GT4のインストール用ディレクトリ/usr/local/globusをrootで作成する。 3. globusユーザを作成する。 4. globusユーザでGT4をビルドする   # export GLOBUS_LOCATION=/usr/local/globus   # ./configure --prefix=$GLOBUS_LOCATION   # make 2>&1 | tee build.log   # make install 5./etc/bashrcに次のパスを追加する。   export PATH=$PATH:/usr/local/globus/bin/:/usr/local/globus/sbin/ --- GT4 のインストールはmakeがやたらと長いだけで、J2SEの方がやる事は面倒でした。 以下手順。 1. postgresユーザーを作成する。 2. ソース展開用とインストール用のディレクトリをrootで作成する。   # mkdir /usr/local/src/postgresql-8.2.4   # mkdir /usr/local/pgsql   # chown postgres:postgres /usr/local/src/postgresql-8.2.4   # chown postgres:postgres /usr/local/pgsql 3. postgresユーザでtarを解凍してビルドする。   # ./configure --without-readline   # make all   # make install 4. postgresユーザの.bashrcに次のパスと環境変数を追加する。   PATH="$PATH":/usr/local/pgsql/bin   export POSTGRES_HOME=/usr/local/pgsql   export PGLIB=$POSTGRES_HOME/lib   export PGDATA=$POSTGRES_HOME/data   export MANPATH="$MANPATH":$POSTGRES_HOME/man   export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH":$PGLIB 5. データベースを初期化する。   # initdb --encoding=EUC-JP --nolocale 6. JDBCドライバを/usr/local/pgsql/share/javaに置き、CLASSPATHに追加する。 ---」 !参考資料 *http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%83%83%E3%83%89%E3%83%BB%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0#Globus.E3.83.84.E3.83.BC.E3.83.AB.E3.82.AD.E3.83.83.E3.83.88 *http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/report/2006/1010/002/report20061010002.html *http://mikilab.doshisha.ac.jp/~hisashi/grid/index.php?FrontPage *http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?FOLGORE.JP#hb3d97fc *http://misshie.jp/blog/cat3/ *http://kiyoeri.la.coocan.jp/newblog/2007/10/post_16.html !!Rocks !参考資料 *http://www.venus.dti.ne.jp/~iisaka/Rocks/ !!Sun Grid Engine !!その他 *http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E6%A7%8B%E7%AF%89 !!AmazonEC2上でのMPIクラスタ構築資料 *http://www.datawrangling.com/on-demand-mpi-cluster-with-python-and-ec2-part-1-of-3 !!メモ *MPICH 並列プログラム *Job Management System(JMS) クラスタシステムにおけるジョブ管理 *Beowulf Watchでは,足りないので,ジョブ管理システムを利用する。 *Condor,PBS(Torque) !!!LinuxCluster上でのR !!!Torqueの活用 !参考資料 *http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?Globus%2BPBS%2BNinf-G *http://www.linet.gr.jp/~juk/batch/index.php?OpenPBS *http://hep.phys.s.u-tokyo.ac.jp/%7Eakito/pukiwiki/pukiwiki.php?Maui%A4%F2OpenPBS%A4%C8%C1%C8%A4%DF%B9%E7%A4%EF%A4%BB%A4%C6%BB%C8%A4%A6 *http://www.ie.u-ryukyu.ac.jp/howto/index.php?Howto%2FTORQUE !!!参考資料 *kuroyagi さんのノートブック http://www.google.com/notebook/user/06721969987319576863 *beowulf.org http://www.beowulf.org/overview/index.html *DCAST http://sourceforge.jp/projects/dcast/ *「グリッド・コンピューティングとR」 http://jasp.ism.ac.jp/meetings/R2007/R_071225_2.pdf